Svatojakubské varhany pocházejí z počátku 18. století, ve 20. století byly přestavěny. Nástroj kombinuje barokní charakter s prvky romantického zvukového ideálu. S 91 rejstříky a 8277 píšťalami jsou to největší varhany v Praze. Původní varhanní skříň z roku 1705 je dílem známého českého varhanáře Abrahama Starka z Lokte. Během staletí prodělaly varhany mnohé změny.