Do problému s totalitním režimem ho dostalo působení v čele nakladatelství Matice cyrilometodějské vydávající křesťanskou literaturu. Zemřel v pětadevadesáti v roce 2015.

Krátce před svojí smrtí vzkázal, že žijeme nebezpečným způsobem, protože se neřídíme božími přikázáními: „Bůh je u nás odstaven. My sami se potrestáme! Všechny ty zkoušky zbraní hromadného ničení jsou začátkem konce, když ne lidstva, tak celých národů. Bůh nás nezachrání, protože sami toužíme dostat po hubě," varoval Josef Vlček.